Eidanger IL Fotball høyeste myndighet er årsmøtet. Årsmøtet avholdes som regel i begynnelsen av mars måned, og blir annonsert i god tid på klubbens hjemmeside og per lagledermail. Her legges grunnlaget for styrets arbeid for året som kommer. Alle som vil har møterett, men for å ha stemmerett må en være fylt 15 år og være medlem i minimum en måned. Ingen kan gi stemme gjennom fullmakt. På årsmøtet blir Eidanger IL Fotballs leder og styremedlemmer valgt. Mellom årsmøtene er det Eidanger IL Fotballs styre som leder klubben

Det avholdes styremøter vanligvis en gang per måned. Her er faste saker blant annet økonomi og regnskap/budsjett. Styret setter rammer for hvordan fotballgruppen skal drives. I tillegg skal styret kontinuerlig følge opp Eidanger IL Fotballs strategier og handlingsplaner og jobbe med disse. Alle i styret har sine ansvarsområder som de følger opp.

Styret har mandat til å opprette arbeidsgrupper som utfører sentrale oppgaver på vegne av styret i Eidanger IL Fotball. Medlemmene i disse undergruppene velges av styret, og er ikke på valg. Det er naturlig at styremedlemmer leder disse undergruppene, slik at styret holdes løpende orientert om arbeidet som pågår.